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Ecología de la Fragmentación.
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Regeneración de selvas en sistemas naturales y alterados por actividades humanas.
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Interacciones planta-herbívoro y planta-patógeno-herbívoro en sistemas tropicales alterados.
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Dispersión de semillas.
En el laboratorio se analizan aspectos involucrados en la regeneración de selvas y el mantenimiento de la biodiversidad dentro de las mismas. Así, se realizan estudios sobre interacciones bióticas, incluyendo dispersión de semillas, herbivoría e infección por hongos patógenos. A partir de 2005 se empezaron a realizar estudios sobre restauración ecológica.
Aunque la mayoría de los estudios que se realizan en el laboratorio abarcan sistemas tropicales húmedos y secos, también se han incluido ecosistemas boscosos templados. Los sitios principales de estudio son Chajul (Chiapas), Los Tuxtlas (Veracruz), Chamela (Jalisco), Cozumel (Quintana Roo), Morelia (Michoacán), Huétamo y Apatzingán (Michoacán), y Manaus (Brasil).
Los trabajos realizados abarcan diferentes escalas espaciales y temporales, lo que ha permitido hacer predicciones precisas sobre los fenómenos estudiados. Los miembros del laboratorio participan en proyectos de investigación interdisciplinarios en colaboración con investigadores de instituciones nacionales e internacionales.